Saison 1 (2009 / 2010)
Au début de la saison 1, les agents Myka Berring et Pete Lattimer sont assignés à la sécurité du président des Etats-Unis. Après avoir empêché une tentative d'assassinat avec succès, ils sont tout les deux muté dans le Dakota du sud à l'entrepôt 13. Alors qu'ils doivent concilier leur tempérament opposé, ils découvrent un nouvel univers où les objets détiennent des pouvoirs surnaturels et peuvent se montrer dangereux.
De son côté, leur supérieur Artie doit faire face à son passé. D'abord en la personne de Claudia, une jeune hackeuse hantée par son frère, puis avec MacPherson, un ancien agent de l'entrepôt 13.
Saison 2 (2010 / 2011)
La saison 2 commence où la première saison s'était terminée. Artie a survécu à l'explosion grâce à un artéfact, le phénix, mais l'équipe doit faire face aux manigances de MacPherson dans la saison 1. Alors qu'il se trouvait dans l'entrepôt 13, celui-ci a libéré H.G. Wells de la section bronze. Quelles sont ses véritables intentions ?
Saison 3 (2011 / 2012)
Dans cette troisième saison, un nouveau membre intègre l'équipe de l'entrepôt. L'agent Steve Jinks, qui a le don de savoir lorsque quelqu'un ment. Son pouvoir ne sera pas de trop alors qu'une menace plane sur les régents et sur l'entrepôt 13 lui-même.
Saison 4 (2012 / 2013)
L'entrepôt 13 a été détruit par Walter Sykes. Steve, H.G et Mme Frédéric sont morts. Pour les agents restants, une course contre la montre se met en marche afin de récupérer lartefact qui leur permettra de remonter le temps et d'empêcher l'accident. Mais comme le dit toujours Artie, chaque artefact a son mauvais côté...